Ο Νίκος Αντωνάκης γεννήθηκε στο Κάιρο το 1961. Σπούδασε στο Οικονομικό Πανεπιστήμιο Αθηνών, στο Πανεπιστήμιο York της Αγγλίας, απ' όπου πήρε το πτυχίο Master of Science, και στο Πανεπιστήμιο Αθηνών στο οποίο ανακηρύχτηκε διδάκτωρ το 1995. Την περίοδο 2000-2001 εκπόνησε μεταδιδακτική έρευνα στο Πανεπιστήμιο Αθηνών με θέμα Αναπτυξιακές Επιδράσεις των Αμυντικών Δαπανών στην Ελλάδα. Είναι ειδικευμένος στη Βιομηχανική Οικονομική, Βιομηχανική Οργάνωση και Οικονομική της Άμυνας. Η κύρια συμβολή του στην επιστήμη ήταν η ανάπτυξη δυναμικών μακροοικονομετρικών υποδειγμάτων για τη σχέση αμυντικών δαπανών και οικονομικής ανάπτυξης.
Την περίοδο 1988-89 υπήρξε μέλος της συντακτικής επιτροπής της Επιθεώρησης για Κοινοτικά θέματα ΕΛΛΑΔΑ και ΕΟΚ, ενώ από την περίοδο εκείνη υπηρετεί στο Υπουργείο Ανάπτυξης και είναι συνεργάτης του Ελληνικού Ιδρύματος Ευρωπαϊκής Πολιτικής (ΕΛΙΑΜΕΠ) και του Centre for Defence Economics του Πανεπιστημίου York. Είναι ιδρυτικό μέλος της European Economic Association και μέλος της Royal Economic Society (Μ. Βρετανία) και της International Defence Economics Association. Το όνομά του έχει συμπεριληφθεί στον Παγκόσμιο Οδηγό των Ειδικών στα Οικονομικά των Στρατιωτικών Θεμάτων. Από το 1995 διδάσκει Δημόσια Οικονομική και Οικονομική Πολιτική στο Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης και Δημόσιας Διοίκησης του Πανεπιστημίου Αθηνών.
Είναι ο συγγραφέας των βιβλίων Αμυντικές Δαπάνες και Εθνική Οικονομία: Η Περίπτωση της Ελλάδας και των Χωρών-Μελών της ΕΟΚ (Ευρωκοινοτικές Εκδόσεις, 1989), Η Πολιτική Οικονομία της Άμυνας στη Μεταπολεμική Ελλάδα (Εκδόσεις Συμεών, 1995), Άμυνα και Οικονομική Ανάπτυξη στην Ελλάδα (Εκδόσεις Διάττων, 1997), Διεθνής Ανταγωνιστικότητα και Βιομηχανική Στρατηγική (επιμέλεια με τον Χ. Πιτέλη, Εκδόσεις Τυπωθήτω, 1998), Θεμελιώδεις Αρχές Οικονομικής Ανάλυσης (Εκδόσεις Συμεών, 1999), Αναπτυξιακές Επιδράσεις των Αμυντικών Δαπανών στην Ελλάδα (Εκδόσεις Τυπωθήτω, 2000), Εφαρμογές Οικονομικών της Άμυνας στην Ελληνική Οικονομία (Εκδόσεις Παπαζήση, 2002) και Επιτομή Πολιτικής Οικονομίας (Εκδόσεις Συμέων, 2005). Επίσης, έχει δημοσιεύσει 33 άρθρα σε επιστημονικά περιοδικά και συλλογικούς τόμους της Ελλάδας, της Μ. Βρετανίας, των ΗΠΑ, της Ιταλίας και της Νορβηγίας.