Ο Μ. Ζ. Κοπιδάκης είναι ομότιμος καθηγητής του Πανεπιστημίου Αθηνών. Έργα του σε αυτοτελείς εκδόσεις είναι:
Το Γ΄ Μακκαβαίων και ο Αισχύλος, Βικελαία Δημοτική Βιβλιοθήκη, 21978.
Αριάδνη. Σχόλια στον ερωτικό Σεφέρη, Πολύτυπο, 21988.
Γιώργος και Μαρώ Σεφέρη, Η Αλληλογραφία Α΄( έκδοση και σχόλια), Βικελαία Δημοτική Βιβλιοθήκη, 21990, Ίκαρος, 32005.
Διονυσίου Λογγίνου, Περί ύψους, σχολιασμένη έκδοση και μετάφραση, Βικελαία Δημοτική Βιβλιοθήκη, 21990.
Εκκλησιαστής, μετάφραση Αλ. Ίσαρης, επίμετρο και σχόλια Μ. Ζ. Κοπιδάκης, Ολκός, 22018.
Οίνον επαινώ (Α΄ τόμος της τετράτομης σχολιασμένης ανθολογίας Ο Οίνος στην ποίηση), Ίδρυμα Φ. Μπουτάρη, 1995.
Σημωνίδου, Ίαμβος κατά γυναικών, κείμενο, μετάφραση, επίμετρο Μ. Ζ. Κοπιδάκης, επίμετρο Ιστός, 21995.
Ιστορία της ελληνικής γλώσσας (σχεδιασμός και επιστασία Μ. Ζ. Κοπιδάκης), ΕΛΙΑ/ ΜΙΕΤ, 101999.
Θάλαττα, θάλαττα. Η άλλη Ελλάδα η θαλασσινή, Μικρός Ναυτίλος, 2001.
Εν λόγω ελληνικώ… (φιλολογικά δοκίμια), Ίκαρος, 22007.
W. Schubart, Θρησκεία και Έρως, μετάφραση Μ. Ζ. Κοπιδάκης, σε συνεργασία με την Αικατερίνη Σκλήρη, Ολκός, 1991.
Μελετήματα, επιμέλεια Εβίνα Σιστάκου, Πατάκης, 2007.
Πέθανε πράγματι ο Μέγας Παν; (φιλολογικά δοκίμια), επιμέλεια Κ. Μπουρναζάκης, Βικελαία Δημοτική Βιβλιοθήκη, 2018 [υπό έκδοση].